Không gian bên trong Nhà thờ Đá Nha Trang được chia thành khu vực cung Thánh và khu vực phía sau cung Thánh. Cả hai khu vực đều thanh tịnh và yên bình, cách xa khỏi sự nhộn nhịp và hối hả của cuộc sống bên ngoài.
Điều tự hào nhất ở nhà thờ Đá đó chính là khu thánh đường cực độc mang phong cách gothic do những bàn tay tài hoa của thợ xây dựng. Bạn chỉ cần bước qua cửa Tiền Đàn, trước mắt sẽ là 2 hàng ghế thẳng tắp, xếp ngay ngắn và một con đường chính giữa hướng thẳng đến Chúa Giê-su. Thánh đường rất rộng lớn và rất nhiều ánh sáng được kết hợp với các vòm cuốn cong, hướng thẳng lên trời, kiểu dạng như hình mũi tên rất hài hòa và đẹp mắt. Trên các bức tường được mô phỏng bởi các bức họa cuộc sống khổ nạn của Chúa qua 14 tràng đàn.
Nếu ghé nhà thờ Đá vào buổi sáng đến trưa, bạn còn có thể bắt gặp hình ảnh những tia nắng mặt trời rực rỡ len lỏi qua cửa kính màu xanh, đỏ. Từ đó, các tia nắng chiếu qua hai hướng Đông và Tây vào các cửa vò, cửa hoa hồng mang đến khung cảnh đầy nguy nga và lộng lẫy, như một tòa lâu đài Châu Âu cổ kính. Khu cung thánh được trang trí với những bức tranh Thánh bằng kính màu đầy nguy nga và huyền bí.