Thời gian đẹp nhất để đi du lịch Hòn Khô là vào mùa khô, khoảng từ tháng 2 đến tháng 9. Lúc này thời tiết Hòn Khô ở Quy Nhơn có nắng đẹp, nước biển trong xanh, biển lặng thuận lợi cho các hoạt động tắm biển và lặn ngắm san hô.
Nếu muốn du lịch kết hợp khám phá những nét văn hóa tín ngưỡng của ngư dân thì các bạn có thể tới đây vào khoảng tháng 2. Lễ hội Cầu Ngư, một trong những lễ hội lớn nhất của ngư dân địa phương, diễn ra vào ngày 12 – 16 tháng 3 âm lịch.
Không nên đi du lịch Hòn Khô vào mùa mưa, tức là từ sau tháng 10 đến tháng 1 năm sau. Vào mùa mưa, nơi đây thường xuyên chịu ảnh hưởng của các cơn bão nhiệt đới cùng gió mùa đông bắc dễ gây mưa. Do sóng lớn và biển động nên tàu thuyền không thể ra khơi ra đảo được.